小昭寺位于大昭寺北面约500米处，为西藏重点文物保护单位，现在是西藏僧侣修习密宗的上密院。据说该寺是文成公主从内地召来建筑师修建的，所以其早期建筑系仿汉唐风格，崇楼峻阁，金碧辉煌。后几经火焚，现存的小昭寺为晚期作品，系黄教格鲁派上密院的修法之地。

寺院占地4000平方米，内中10根柱子依稀可见吐蕃遗风，上面镂刻着莲花，还雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言，金顶为汉地的歇山式样，以斗拱承托。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。